BRENDA - Enzyme Database
show all sequences of 6.5.1.3

A natural ribozyme with 3,5 RNA ligase activity

Vicens, Q.; Cech, T.R.; Nat. Chem. Biol. 5, 97-99 (2009)

Data extracted from this reference:

Natural Substrates/ Products (Substrates)
Natural Substrates
Organism
Commentary (Nat. Sub.)
Natural Products
Commentary (Nat. Pro.)
Organism (Nat. Pro.)
Reversibility
ID
additional information
Anabaena sp.
the group I intron from cyanobacterium Anabaena sp. catalyzes phosphodiester bond formation using a triphosphate on the 5'-terminal nucleotide, much like protein polymerases and engineered ribozymes. In the process, this ribozyme forms a unique circular RNA that incorporates the exogenous guanosine cofactor added during self-splicing
?
-
-
-
Organism
Organism
UniProt
Commentary
Textmining
Anabaena sp.
-
strain PCC 7120
-
Substrates and Products (Substrate)
Substrates
Commentary Substrates
Literature (Substrates)
Organism
Products
Commentary (Products)
Literature (Products)
Organism (Products)
Reversibility
Substrate Product ID
additional information
the group I intron from cyanobacterium Anabaena sp. catalyzes phosphodiester bond formation using a triphosphate on the 5'-terminal nucleotide, much like protein polymerases and engineered ribozymes. In the process, this ribozyme forms a unique circular RNA that incorporates the exogenous guanosine cofactor added during self-splicing
694311
Anabaena sp.
?
-
-
-
-
Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
Natural Substrates
Organism
Commentary (Nat. Sub.)
Natural Products
Commentary (Nat. Pro.)
Organism (Nat. Pro.)
Reversibility
ID
additional information
Anabaena sp.
the group I intron from cyanobacterium Anabaena sp. catalyzes phosphodiester bond formation using a triphosphate on the 5'-terminal nucleotide, much like protein polymerases and engineered ribozymes. In the process, this ribozyme forms a unique circular RNA that incorporates the exogenous guanosine cofactor added during self-splicing
?
-
-
-
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Substrates
Commentary Substrates
Literature (Substrates)
Organism
Products
Commentary (Products)
Literature (Products)
Organism (Products)
Reversibility
ID
additional information
the group I intron from cyanobacterium Anabaena sp. catalyzes phosphodiester bond formation using a triphosphate on the 5'-terminal nucleotide, much like protein polymerases and engineered ribozymes. In the process, this ribozyme forms a unique circular RNA that incorporates the exogenous guanosine cofactor added during self-splicing
694311
Anabaena sp.
?
-
-
-
-
Other publictions for EC 6.5.1.3
No.
1st author
Pub Med
title
organims
journal
volume
pages
year
Activating Compound
Application
Cloned(Commentary)
Crystallization (Commentary)
Engineering
General Stability
Inhibitors
KM Value [mM]
Localization
Metals/Ions
Molecular Weight [Da]
Natural Substrates/ Products (Substrates)
Organic Solvent Stability
Organism
Oxidation Stability
Posttranslational Modification
Purification (Commentary)
Reaction
Renatured (Commentary)
Source Tissue
Specific Activity [micromol/min/mg]
Storage Stability
Substrates and Products (Substrate)
Subunits
Synonyms
Temperature Optimum [C]
Temperature Range [C]
Temperature Stability [C]
Turnover Number [1/s]
pH Optimum
pH Range
pH Stability
Cofactor
Ki Value [mM]
pI Value
IC50 Value
Activating Compound (protein specific)
Application (protein specific)
Cloned(Commentary) (protein specific)
Cofactor (protein specific)
Crystallization (Commentary) (protein specific)
Engineering (protein specific)
General Stability (protein specific)
IC50 Value (protein specific)
Inhibitors (protein specific)
Ki Value [mM] (protein specific)
KM Value [mM] (protein specific)
Localization (protein specific)
Metals/Ions (protein specific)
Molecular Weight [Da] (protein specific)
Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
Organic Solvent Stability (protein specific)
Oxidation Stability (protein specific)
Posttranslational Modification (protein specific)
Purification (Commentary) (protein specific)
Renatured (Commentary) (protein specific)
Source Tissue (protein specific)
Specific Activity [micromol/min/mg] (protein specific)
Storage Stability (protein specific)
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Subunits (protein specific)
Temperature Optimum [C] (protein specific)
Temperature Range [C] (protein specific)
Temperature Stability [C] (protein specific)
Turnover Number [1/s] (protein specific)
pH Optimum (protein specific)
pH Range (protein specific)
pH Stability (protein specific)
pI Value (protein specific)
Expression
General Information
General Information (protein specific)
Expression (protein specific)
KCat/KM [mM/s]
KCat/KM [mM/s] (protein specific)
749330
Yoshinari
Cleavage of 3'-terminal adeno ...
Methanothermobacter thermautotrophicus
Sci. Rep.
7
11662
2017
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
2
-
-
1
-
-
-
-
-
3
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
1
-
-
-
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
748784
Gu
Structural and mutational ana ...
Methanothermobacter thermautotrophicus, Methanothermobacter thermautotrophicus ATCC 29096
Nucleic Acids Res.
44
2337-2347
2016
-
-
-
1
17
-
-
-
-
-
-
4
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
4
1
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
17
-
-
-
-
-
-
-
-
4
-
-
-
-
-
-
-
-
4
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
748785
Burroughs
RNA damage in biological conf ...
Escherichia virus T4
Nucleic Acids Res.
44
8525-8555
2016
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
747437
Moreira
Three-dimensional structure m ...
Diplonema papillatum
BMC Struct. Biol.
15
20
2015
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
6
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
2
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
749172
Unciuleac
Structure and two-metal mecha ...
Naegleria gruberi
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
112
13868-13873
2015
-
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
2
-
5
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
1
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
749277
Unciuleac
Characterization of a novel e ...
Naegleria gruberi
RNA
21
824-832
2015
-
-
1
-
4
-
-
-
-
3
1
2
-
7
-
-
1
-
-
-
-
-
4
1
2
-
-
-
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
4
-
-
-
-
-
-
3
1
2
-
-
-
1
-
-
-
-
4
1
-
-
-
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
748777
Desai
A tRNA splicing operon Archea ...
Pyrococcus horikoshii
Nucleic Acids Res.
42
3931-3942
2014
1
-
-
-
8
-
-
-
-
-
-
2
-
4
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
8
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
728788
Das
2-Phosphate cyclase activity o ...
Escherichia coli
RNA
19
1355-1362
2013
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
3
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
1
1
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
728789
Chauleau
Kinetic mechanism of nick seal ...
Escherichia virus T4
RNA
19
1840-1847
2013
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
2
-
-
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
1
-
-
-
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
728488
Chen
A cost-effective method for Il ...
Escherichia coli
Plant Methods
8
41
2012
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
713745
Park
Detection of single-base mutat ...
Escherichia virus T4
Anal. Biochem.
414
303-305
2011
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
714046
Makino
Use of domain enzymes from whe ...
Triticum aestivum
Biochem. Biophys. Res. Commun.
404
1050-1054
2011
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
728392
Zhelkovsky
Simple and efficient synthesis ...
Methanothermobacter thermautotrophicus
Nucleic Acids Res.
39
e117
2011
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
714026
Makino
In vitro dissection revealed t ...
Triticum aestivum
Biochem. Biophys. Res. Commun.
397
762-766
2010
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
716670
Durrant
Novel naphthalene-based inhibi ...
Trypanosoma brucei
PLoS Negl. Trop. Dis.
4
e803
2010
-
-
1
-
-
-
8
-
-
-
-
-
-
4
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
4
-
-
1
-
-
-
-
4
8
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
-
716756
Englert
Branchiostoma floridae has sep ...
Branchiostoma floridae
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
107
16834-16839
2010
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
6
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
-
694311
Vicens
A natural ribozyme with 3,5 RN ...
Anabaena sp.
Nat. Chem. Biol.
5
97-99
2009
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
707449
Sillero
Synthesis of ATP derivatives o ...
Escherichia virus T4
Biochem. Pharmacol.
78
335-343
2009
-
-
-
-
-
-
-
7
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
7
-
7
-
2
-
-
-
7
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
7
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
7
-
7
-
-
-
-
7
-
-
-
-
-
-
-
-
7
7
708449
Swift
Discovery and design of DNA an ...
Trypanosoma brucei
Expert Opin. Drug Discov.
4
1281-1294
2009
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
694452
Torchia
Archaeal RNA ligase is a homod ...
Methanothermobacter thermautotrophicus
Nucleic Acids Res.
36
6218-6227
2008
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
1
-
-
4
-
-
-
-
-
-
-
-
6
2
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
6
2
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
694461
Nelissen
Multiple segmental and selecti ...
Escherichia virus T4
Nucleic Acids Res.
36
e89
2008
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
694881
Amaro
Discovery of drug-like inhibit ...
Trypanosoma brucei
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
105
17278-17283
2008
-
-
-
1
-
-
4
-
-
-
-
-
-
5
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
4
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
676230
Raymond
Deinococcus radiodurans RNA li ...
Deinococcus radiodurans
Nucleic Acids Res.
35
839-849
2007
-
-
-
-
22
-
-
-
-
-
-
-
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
22
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
677101
Wang
The C-terminal domain of T4 RN ...
Escherichia virus T4
RNA
13
1235-1244
2007
-
-
-
-
6
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
6
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
677128
Robertson
The structural basis of ribozy ...
Enterobacteria phage L1
Science
315
1549-1553
2007
-
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
672949
Nandakumar
RNA ligase structures reveal t ...
Escherichia virus T4
Cell
127
71-84
2006
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
3
-
-
1
-
-
1
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
673669
Sillero
Synthesis of bisphosphonate de ...
Escherichia virus T4
FEBS Lett.
580
5723-5727
2006
-
-
-
-
-
-
-
3
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
4
-
-
-
-
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
4
-
-
-
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
674568
El Omari
Molecular architecture and lig ...
Escherichia virus T4
J. Biol. Chem.
281
1573-1579
2006
-
-
1
1
-
-
-
-
-
1
-
-
-
2
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
676215
Wang
Structure-function analysis of ...
Saccharomyces cerevisiae
Nucleic Acids Res.
34
517-527
2006
-
-
1
-
23
-
-
-
-
-
-
1
-
5
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
23
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
677096
Stark
An RNA ligase-mediated method ...
Escherichia virus T4
RNA
12
2014-2019
2006
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
662976
Blondal
Isolation and characterization ...
Phage TS2126
Nucleic Acids Res.
33
135-142
2005
-
1
1
-
-
-
1
2
-
2
-
-
-
5
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
1
1
1
2
-
1
1
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
-
-
-
1
-
2
-
2
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
1
-
1
1
2
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
663245
Gao
Functional complementation of ...
Leishmania tarentolae, Trypanosoma brucei
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
102
4712-4717
2005
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
4
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
653915
Ho
Structure and mechanism of RNA ...
Escherichia virus T4
Structure
12
327-339
2004
-
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
1
-
3
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
2
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
1
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
654015
Yin
Characterization of bacterioph ...
Escherichia virus T4, Vibrio phage KVP40
Virology
319
141-151
2004
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
1
2
-
5
-
-
1
-
-
-
-
-
3
1
5
-
-
-
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
2
-
-
-
1
-
-
-
-
3
1
-
-
-
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
662241
Nandakumar
RNA substrate specificity and ...
Escherichia virus T4
J. Biol. Chem.
279
31337-31347
2004
-
-
-
-
31
-
-
-
-
2
-
-
-
4
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
31
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
662304
Martins
An RNA ligase from Deinococcus ...
Deinococcus radiodurans
J. Biol. Chem.
279
50654-50661
2004
-
-
-
-
5
-
-
-
-
-
-
-
-
5
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
5
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
662636
Deng
High resolution crystal struct ...
Trypanosoma brucei
J. Mol. Biol.
343
601-613
2004
-
-
1
1
-
-
-
-
-
1
-
1
-
4
-
-
1
-
-
-
-
-
2
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
1
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
652387
Yin
Structure-function analysis of ...
Escherichia virus T4
J. Biol. Chem.
278
17601-17608
2003
-
-
1
-
13
-
-
-
-
-
-
1
-
4
-
-
1
-
-
-
-
-
2
-
2
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
13
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
1
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
652429
Wang
Mutational analysis of bacteri ...
Escherichia virus T4
J. Biol. Chem.
278
29454-29462
2003
-
-
1
-
31
-
-
-
-
-
-
1
-
2
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
31
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
1
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
653392
Blondal
Discovery and characterization ...
Rhodothermus phage RM378
Nucleic Acids Res.
31
7247-7254
2003
-
-
1
-
-
-
1
-
-
2
1
1
-
7
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
4
1
-
1
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
-
-
2
1
1
-
-
-
1
-
-
-
-
1
-
1
-
1
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
650172
Glasner
Metal ion requirements for str ...
synthetic construct
Biochemistry
41
8103-8112
2002
-
-
1
-
-
-
10
-
-
3
-
1
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
2
-
2
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
10
-
-
-
3
-
1
-
-
-
1
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
650653
Wang
Purification of histidine-tagg ...
Escherichia virus T4
Biotechniques
33
1256-1260
2002
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
1
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
652246
Cherepanov
Kinetic mechanism of the Mg2+- ...
Escherichia virus T4
J. Biol. Chem.
277
1695-1704
2002
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
2
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
1
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
653217
Cruz-Reyes
Distinct functions of two RNA ...
Trypanosoma brucei
Mol. Cell. Biol.
22
4652-4660
2002
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
1
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
2
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
1
-
-
-
1
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
653679
Ho
Bacteriophage T4 RNA ligase 2 ...
Escherichia virus T4
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
99
12709-12714
2002
-
-
1
-
6
-
-
-
-
-
1
1
-
5
-
-
1
-
-
-
-
-
2
-
3
-
-
-
-
2
1
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
6
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
-
1
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
2
1
-
-
-
-
-
-
-
-
650982
Huang
Roles for ligases in the RNA e ...
Trypanosoma brucei
EMBO J.
20
4694-4703
2001
-
-
1
-
2
-
-
-
1
-
-
1
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
2
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
653869
McManus
Identification of candidate mi ...
Trypanosoma brucei
RNA
7
167-175
2001
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
2
1
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
2
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
2
1
-
-
-
1
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
653889
Schnaufer
An RNA ligase essential for RN ...
Trypanosoma brucei
Science
291
2159-2162
2001
-
1
1
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
2
-
-
1
-
-
1
-
-
2
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
-
-
1
-
1
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
649963
Bergman
Kinetic framework for ligation ...
synthetic construct
Biochemistry
39
3115-3123
2000
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
1
-
-
-
7
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
7
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
651061
Atencia
Several dinucleoside polyphosp ...
Escherichia virus T4
Eur. J. Biochem.
267
1707-1714
2000
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
1
1
-
2
-
-
1
-
-
-
-
-
2
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
1
1
-
-
-
1
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
651051
Atencia
T4 RNA ligase catalyzes the sy ...
Escherichia virus T4
Eur. J. Biochem.
261
802-811
1999
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
1
-
6
-
1
-
-
-
2
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
1
-
6
-
-
-
-
2
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
653234
Nishigaki
Y-ligation: an efficient metho ...
Escherichia virus T4
Mol. Divers.
4
187-190
1998
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
653369
Wang
Oligoribonucleotide circulariz ...
Escherichia virus T4
Nucleic Acids Res.
26
2502-2504
1998
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1996
Rusche
Purification of a functional e ...
Trypanosoma brucei
EMBO J.
16
4069-4081
1997
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
3
-
-
1
-
-
-
-
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
651858
Piller
Trypanosoma brucei RNA editing ...
Trypanosoma brucei
J. Biol. Chem.
271
4613-4619
1996
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
4
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
653368
Ekland
The secondary structure and se ...
synthetic construct
Nucleic Acids Res.
23
3231-3238
1995
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
653882
Ekland
Structurally complex and highl ...
synthetic construct
Science
269
364-370
1995
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
2
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1910
Maunders
DNA and RNA ligases (EC 6.5.1. ...
Escherichia virus T4
Methods Mol. Biol.
16
213-230
1993
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
1
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2000
Harada
In vitro selection of optimal ...
Escherichia virus T4
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
90
1576-1579
1993
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2001
Iuoda
Substrate specificity of T4 RN ...
Escherichia virus T4
Biokhimiia
58
857-865
1993
-
-
-
-
-
-
7
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
4
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
7
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
4
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1998
Juodka
-
Inhibition of the first stage ...
Escherichia virus T4
Nucleosides Nucleotides
10
367-370
1991
-
-
-
-
-
-
8
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
8
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1999
Pick
Purification and characterizat ...
Triticum aestivum
Methods Enzymol.
181
480-499
1990
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
1
1
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1997
Bakalara
The Leishmania kinetoplast-mit ...
Leishmania tarentolae
J. Biol. Chem.
264
18679-18686
1989
-
-
-
-
-
-
-
-
4
1
-
2
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
6
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
4
1
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
6
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1983
Pick
Purification of wheat germ RNA ...
Triticum aestivum
J. Biol. Chem.
261
6684-6693
1986
-
-
-
-
-
1
-
-
-
1
-
-
-
2
-
-
1
-
-
1
1
2
1
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
1
1
2
1
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1984
Pick
Purification of wheat germ RNA ...
Triticum aestivum
J. Biol. Chem.
261
6694-6704
1986
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
1
1
-
1
-
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
-
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1985
Perkins
Isolation and characterization ...
Homo sapiens
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
82
684-688
1985
-
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
-
-
1
-
-
1
-
-
1
1
1
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
1
1
1
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1986
Rand
Sequence and cloning of bacter ...
Escherichia virus T4
EMBO J.
3
397-402
1984
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
4
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1987
Furneaux
Isolation and characterization ...
Triticum aestivum
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
80
3933-3937
1983
-
-
-
-
-
-
-
2
-
1
-
-
-
2
-
-
1
-
-
1
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
1
-
-
-
-
-
1
-
1
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1988
Gegenheimer
An RNA ligase from wheat germ ...
Triticum aestivum
J. Biol. Chem.
258
8365-8373
1983
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
3
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1989
Mei-Hao
Purification of T4 RNA ligase ...
Escherichia virus T4
Anal. Biochem.
125
1-5
1982
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
-
-
1
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
1
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1990
Dolganov
A new procedure for the simult ...
Escherichia virus T4
Eur. J. Biochem.
114
247-254
1981
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
1
-
-
1
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1991
Konarska
Formation of a 2'-phosphomonoe ...
Triticum aestivum
Nature
293
112-116
1981
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
3
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1992
Moseman McCoy
The Purification of nuclease-f ...
Escherichia virus T4
Biochim. Biophys. Acta
562
149-161
1979
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
3
-
-
-
-
-
1
1
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
1
1
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1993
Sugiura
Purification of T4 RNA ligase ...
Escherichia virus T4
FEBS Lett.
97
73-76
1979
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
1
-
-
1
-
-
1
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1994
Last
Purification and properties of ...
Escherichia virus T4
Arch. Biochem. Biophys.
174
167-176
1976
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
1
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
1
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1995
Silber
Purification and properties of ...
Escherichia virus T4
Proc. Natl. Acad. Sci. USA
69
3009-3013
1972
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
1
-
-
2
-
-
1
-
-
-
1
-
3
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
1
1
-
-
-
-
1
-
-
1
-
3
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-