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A novel chloroplastic isopentenyl diphosphate isomerase gene from Jatropha curcas Cloning, characterization and subcellular localization

Wei, L.; Yin, L.; Hu, X.; Xu, Y.; Chen, F.; Electron. J. Biotechnol. 17, 296-303 (2014)
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Cloned(Commentary)
Commentary
Organism
expressed in Nicotiana tabacum and Escherichia coli BL-21 (DE3) cells
Jatropha curcas
Localization
Localization
Commentary
Organism
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Textmining
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-
Jatropha curcas
9507
-
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-
?
Organism
Organism
Primary Accession No. (UniProt)
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Jatropha curcas
A0A067K3N5
-
-
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Source Tissue
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Jatropha curcas
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Jatropha curcas
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-
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Jatropha curcas
dimethylallyl diphosphate
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Commentary
Organism
expressed in Nicotiana tabacum and Escherichia coli BL-21 (DE3) cells
Jatropha curcas
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Localization
Commentary
Organism
GeneOntology No.
Textmining
chloroplast
-
Jatropha curcas
9507
-
Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
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Organism
Commentary (Nat. Sub.)
Natural Products
Commentary (Nat. Pro.)
Organism (Nat. Pro.)
Reversibility
isopentenyl diphosphate
Jatropha curcas
-
dimethylallyl diphosphate
-
-
?
Source Tissue (protein specific)
Source Tissue
Commentary
Organism
Textmining
flower
highest expression
Jatropha curcas
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leaf
-
Jatropha curcas
-
seed
-
Jatropha curcas
-
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Substrates
Commentary Substrates
Literature (Substrates)
Organism
Products
Commentary (Products)
Literature (Products)
Organism (Products)
Reversibility
isopentenyl diphosphate
-
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Jatropha curcas
dimethylallyl diphosphate
-
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Expression
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Expression
Jatropha curcas
enzyme expression is increased about 4fold at 4°C, about 2.5fold at 0.1 mM NaCl, about 6fold at 0.15 mM mannitol, and about 7.5fold at 0.03 mM methyl jasmonate
up
Expression (protein specific)
Organism
Commentary
Expression
Jatropha curcas
enzyme expression is increased about 4fold at 4°C, about 2.5fold at 0.1 mM NaCl, about 6fold at 0.15 mM mannitol, and about 7.5fold at 0.03 mM methyl jasmonate
up
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No.
1st author
Pub Med
title
organims
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year
Activating Compound
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Engineering
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Organism
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Reaction
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KM Value [mM] (protein specific)
Localization (protein specific)
Metals/Ions (protein specific)
Molecular Weight [Da] (protein specific)
Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
Organic Solvent Stability (protein specific)
Oxidation Stability (protein specific)
Posttranslational Modification (protein specific)
Purification (Commentary) (protein specific)
Renatured (Commentary) (protein specific)
Source Tissue (protein specific)
Specific Activity [micromol/min/mg] (protein specific)
Storage Stability (protein specific)
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Subunits (protein specific)
Temperature Optimum [°C] (protein specific)
Temperature Range [°C] (protein specific)
Temperature Stability [°C] (protein specific)
Turnover Number [1/s] (protein specific)
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Thibodeaux
Linear free energy relationshi ...
Staphylococcus aureus
J. Am. Chem. Soc.
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9994-9996
2010
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Wang
Molecular cloning, expression ...
Gossypium barbadense
Biosci. Rep.
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111-119
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Ghimire
Improved squalene production v ...
Escherichia coli
Appl. Environ. Microbiol.
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Ohto
Prenyl alcohol production by e ...
Escherichia coli
Biosci. Biotechnol. Biochem.
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Unno
New role of flavin as a genera ...
Saccharolobus shibatae
J. Biol. Chem.
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9160-9167
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Lai
Reconstruction of the archaeal ...
Escherichia coli
Metab. Eng.
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Battilana
The 1-deoxy-D: -xylulose 5-pho ...
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Theor. Appl. Genet.
118
653-669
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de Ruyck
Monoclinic form of isopentenyl ...
Escherichia coli
Acta Crystallogr. Sect. F
F64
239-242
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Fujiwara
Efficient synthesis of trans-p ...
Thermococcus kodakarensis
Biochem. Biophys. Res. Commun.
365
118-123
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Thibodeaux
Evidence for the involvement o ...
Staphylococcus aureus
Biochemistry
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Crystal structure of type 2 is ...
Thermus thermophilus
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9051-9053
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A new isopentenyl diphosphate ...
Ipomoea batatas
Biologia
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Pan
A new isopentenyl diphosphate ...
Camptotheca acuminata
DNA Seq.
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Rothman
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Thermus thermophilus
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Phillips
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Arabidopsis thaliana
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Okada
Genetic evidence for the role ...
Arabidopsis thaliana
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Dutoit
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The crystal structure of human ...
Homo sapiens
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Methanocaldococcus jannaschii
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Escherichia coli type I isopen ...
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Enzymatic and structural chara ...
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660922
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Structure of Thermus thermophi ...
Thermus thermophilus, Thermus thermophilus HB 27
Biochem. Biophys. Res. Commun.
338
1515-1518
2005
-
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1
1
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661948
Wouters
A crystallographic investigati ...
Escherichia coli
J. Am. Chem. Soc.
127
536-537
2005
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651170
Yamashita
Type 2 isopentenyl diphosphate ...
Saccharolobus shibatae
Eur. J. Biochem.
271
1087-1093
2004
-
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651733
Barkley
Identification of an archaeal ...
Methanothermobacter thermautotrophicus
J. Bacteriol.
186
1811-1817
2004
2
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653840
Wouters
Crystal structure of the C67A ...
Escherichia coli
Proteins
54
216-221
2004
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660882
Hemmi
Catalytic mechanism of type 2 ...
Saccharolobus shibatae
Biochem. Biophys. Res. Commun.
322
905-910
2004
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661357
Takagi
Bacillus subtilis ypgA gene is ...
Bacillus subtilis
Biosci. Biotechnol. Biochem.
68
132-137
2004
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661638
Laupitz
Biochemical characterization o ...
Bacillus subtilis
Eur. J. Biochem.
271
2658-2669
2004
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662026
Barkley
Type II isopentenyl diphosphat ...
Synechocystis sp.
J. Bacteriol.
186
8156-8158
2004
-
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651594
Wouters
Structure and mechanism of act ...
Escherichia coli
J. Am. Chem. Soc.
125
3198-3199
2003
-
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651597
Carrigan
Zinc is an essential cofactor ...
Escherichia coli
J. Am. Chem. Soc.
125
9008-9009
2003
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652367
Wouters
Catalytic mechanism of Escheri ...
Escherichia coli
J. Biol. Chem.
278
11903-11908
2003
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Crystal structure of the type ...
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329
973-982
2003
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649588
Thompson
Identification of a bisphospho ...
Homo sapiens
Biochem. Biophys. Res. Commun.
290
869-873
2002
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649155
Oudjama
Preliminary structural studies ...
Escherichia coli
Acta Crystallogr. Sect. D
57
287-288
2001
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650979
Durbecq
Crystal structure of isopenten ...
Escherichia coli
EMBO J.
20
1530-1537
2001
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Ramos-Valdivia
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Isopentenyl diphosphate isomer ...
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Phytochemistry
48
961-969
1998
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Paton
Cloning and subcellular locali ...
Mesocricetus auratus, Rattus norvegicus
J. Biol. Chem.
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18945-18950
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2952
Ramos-Valdivia
Purification and characterizat ...
Cinchona robusta
Eur. J. Biochem.
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161-170
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2953
Kajiwara
Expression of an exogenous iso ...
Haematococcus lacustris, Phaffia rhodozyma, Saccharomyces cerevisiae
Biochem. J.
324
421-426
1997
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Hahn
Human isopentenyl diphosphate: ...
Homo sapiens
Arch. Biochem. Biophys.
332
30-34
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Wanders
Cholesterol biosynthesis in Ze ...
Homo sapiens
J. Inherit. Metab. Dis.
19
193-196
1996
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2951
Hahn
Isolation of Schizosaccharomyc ...
Schizosaccharomyces pombe
J. Biol. Chem.
270
11298-11303
1995
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Christensen
Enzymatic synthesis of isotopi ...
Saccharomyces cerevisiae
Bioorg. Med. Chem.
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Lu
Isopentenyl-diphosphate isomer ...
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Biochemistry
31
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Lanznaster
Dye-ligand immobilized metal i ...
Salvia officinalis
Protein Expr. Purif.
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2956
Street
Hydrogen exchange during enzym ...
Saccharomyces cerevisiae
J. Am. Chem. Soc.
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2957
Street
Isopentenyldiphosphate:dimethy ...
Saccharomyces cerevisiae
Biochemistry
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1972
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Agranoff
Biosynthesis of terpenes. VII. ...
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J. Biol. Chem.
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