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Molecular simulations of solute transport in xylose isomerase crystals

Malek, K.; Coppens, M.O.; J. Phys. Chem. B 112, 1549-1554 (2008)

Data extracted from this reference:

Crystallization (Commentary)
Crystallization
Organism
study on the dynamics of solute transport in orthorhombic D-xylose isomerase crystals by means of Brownian dynamics and molecular dynamics simulations and investigation of the diffusion of S-phenylglycine molecules inside XI crystals. The S-phenylglycine molecules mostly interact with residues His54, Asp287, and Lys183. In general, the diffusivities of solute species are found to be 1 to 2 orders of magnitude lower than those of the corresponding free molecules in water
Streptomyces rubiginosus
Organism
Organism
Primary Accession No. (UniProt)
Commentary
Textmining
Streptomyces rubiginosus
P24300
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Crystallization (Commentary) (protein specific)
Crystallization
Organism
study on the dynamics of solute transport in orthorhombic D-xylose isomerase crystals by means of Brownian dynamics and molecular dynamics simulations and investigation of the diffusion of S-phenylglycine molecules inside XI crystals. The S-phenylglycine molecules mostly interact with residues His54, Asp287, and Lys183. In general, the diffusivities of solute species are found to be 1 to 2 orders of magnitude lower than those of the corresponding free molecules in water
Streptomyces rubiginosus
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organims
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Activating Compound
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Engineering (protein specific)
General Stability (protein specific)
IC50 Value (protein specific)
Inhibitors (protein specific)
Ki Value [mM] (protein specific)
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Localization (protein specific)
Metals/Ions (protein specific)
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Turnover Number [1/s] (protein specific)
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Expression
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Staudigl
L-arabinose isomerase and D-xy ...
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Bifidobacterium adolescentis
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55
289-294
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706476
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Prikl. Biokhim. Mikrobiol.
45
38-44
2009
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673762
Dmytruk
Overexpression of bacterial xy ...
Escherichia coli, Escherichia coli DH5-alpha, no activity in Hansenula polymorpha, no activity in Hansenula polymorpha CBS4732s
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8
165-173
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690541
Meijnen
Engineering Pseudomonas putida ...
Escherichia coli
Appl. Environ. Microbiol.
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Madhavan
Xylose isomerase from polycent ...
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1067-78
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Kovalevsky
Hydrogen location in stages of ...
Streptomyces rubiginosus
Biochemistry
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Ravikumar
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Xerophytic Cereus pterogonus x ...
Deamia testudo
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Molecular simulations of solut ...
Streptomyces rubiginosus
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Sapunova
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Paenarthrobacter ureafaciens
Microbiology
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Yanase
Genetic engineering of Zymobac ...
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Karhumaa
Comparison of the xylose reduc ...
Piromyces sp.
Microb. Cell Fact.
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671399
Sapunova
Biosynthetic features and prop ...
Escherichia coli, Escherichia coli HB101xylA, Glutamicibacter nicotianae, Glutamicibacter nicotianae BIM B-5, Pectobacterium atrosepticum, Pectobacterium atrosepticum jn42xylA
Appl. Biochem. Microbiol.
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Kawaguchi
Engineering of a xylose metabo ...
Escherichia coli
Appl. Environ. Microbiol.
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Meilleur
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Streptomyces rubiginosus
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Snell
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Streptomyces rubiginosus
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Santa
Stochastic boundary molecular ...
Actinoplanes missouriensis
Biochim. Biophys. Acta
1749
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Influence of divalent cations ...
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272
1454-1464
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Metabolic engineering of a xyl ...
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Joo
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Karhumaa
Investigation of limiting meta ...
Saccharomyces cerevisiae
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Hanson
A preliminary time-of-flight n ...
Streptomyces rubiginosus
Acta Crystallogr. Sect. D
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241-249
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Appl. Environ. Microbiol.
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Fenn
Xylose isomerase in substrate ...
Streptomyces olivochromogenes
Biochemistry
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Vilonen
Enhanced glucose to fructose c ...
Streptomyces rubiginosus
Biotechnol. Prog.
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Karimaki
Engineering the substrate spec ...
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Protein Eng. Des. Sel.
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Solubility and crystallization ...
Streptomyces rubiginosus
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2003
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651118
Lonn
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269
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2002
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Joo
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A thermostable xylose isomeras ...
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Cha
Lowering the pH optimum of D-x ...
Streptomyces rubiginosus
Mol. Cells
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Liu
Purification and cloning of a ...
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Kristo
Protein purification, and clon ...
Hordeum vulgare
Eur. J. Biochem.
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Bhosale
Molecular industrial aspects o ...
Actinomyces olivocinereus, Actinoplanes missouriensis, Actinoplanes sp., Aerobacter levanicum, Aeromonas hydrophila, Arthrobacter sp., Bacillus coagulans, Bacillus licheniformis, Bacillus megaterium, Brevibacterium helvolum, Brevibacterium pentosoaminoacidicum, Citrobacter freundii, Citrobacter intermedius, Corynebacterium sp., Desemzia incerta, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Gordonia rubripertincta, Klebsiella aerogenes, Lactobacillus buchneri, Lactobacillus fermentum, Lactobacillus gayonii, Lactobacillus lycopersici, Lactobacillus mannitopoeus, Lactobacillus pentosus, Lactobacillus plantarum, Leuconostoc mesenteroides, Microbacterium arborescens, Microbispora rosea, Micromonospora coerulea, Mycobacterium sp., Nocardia asteroides, Nocardiopsis dassonvillei, Paracolobacterium aerogenoides, Pseudonocardia sp., Sarcina sp., Sphingomonas paucimobilis, Streptococcus venuceus, Streptomyces achromogenes, Streptomyces bikiniensis, Streptomyces bobili, Streptomyces californicus, Streptomyces cinnamonensis, Streptomyces echinatus, Streptomyces flaveus, Streptomyces flavovirens, Streptomyces fradiae, Streptomyces glaucescens, Streptomyces griseofuscus, Streptomyces griseolus, Streptomyces griseus, Streptomyces matensis, Streptomyces nivens, Streptomyces olivaceus, Streptomyces olivochromogenes, Streptomyces phaeochromogenes, Streptomyces platensis, Streptomyces roseochromogenes, Streptomyces rubiginosus, Streptomyces venezuelae, Streptomyces virginiae, Streptomyces wedmorensis, Streptosporangium album, Streptosporangium vulgare, Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes, Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus, Thermopolyspora sp., Thermus thermophilus, Xanthomonas sp., Zymomonas mobilis
Microbiol. Rev.
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280-300
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Inyang
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Isolation and characterization ...
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Design, synthesis, and charact ...
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Kawai
Purification and characterizat ...
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Lloyd
Crystallization and preliminar ...
Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes
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Lavie
X-ray crystallographic structu ...
Streptomyces olivochromogenes
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Varsani
Arthrobacter D-xylose isomeras ...
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Mrabet
One-step purification of Actin ...
Actinoplanes missouriensis
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Rangarajan
Mechanism of D-fructose isomer ...
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-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2762
Jenkins
Protein engineering of xylose ...
Actinoplanes missouriensis
Biochemistry
31
5449-5458
1992
-
-
1
1
-
-
-
13
-
4
-
-
-
3
-
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2
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15
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1
-
1
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13
-
4
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-
-
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-
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-
-
-
2
-
-
-
-
15
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2763
Van Tillbeurgh
Protein engineering of xylose ...
Actinoplanes missouriensis
Biochemistry
31
5467-5471
1992
-
-
-
-
2
-
-
1
-
3
-
-
-
2
-
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-
1
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1
3
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2
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-
1
-
3
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-
-
-
1
-
-
-
-
1
3
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2765
Collyer
Anomeric specificity of D-xylo ...
Arthrobacter sp.
Biochemistry
31
12211-12218
1992
-
-
-
1
-
-
1
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
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-
1
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1
-
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-
1
-
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-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2750
Ghatge
Immunoaffinity purification of ...
Streptomyces sp., Streptomyces sp. NCIM 2730
Appl. Biochem. Biotechnol.
31
11-20
1991
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
5
-
-
1
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1
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2
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1
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-
1
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2773
Smith
D-Xylose (D-glucose) isomerase ...
Arthrobacter sp.
Biochem. J.
277
255-261
1991
-
-
-
-
-
-
3
8
-
3
1
-
-
1
-
-
1
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1
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5
1
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8
1
1
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-
-
-
3
-
8
-
3
1
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-
1
-
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1
-
5
1
-
-
-
8
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
2751
Khire
-
Characterization of the purifi ...
Streptomyces sp.
Appl. Biochem. Biotechnol.
23
41-52
1990
-
-
-
-
-
-
7
1
1
3
1
-
-
1
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1
1
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1
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7
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1
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4
-
1
-
2
-
1
1
1
-
-
-
-
-
-
-
2755
Lehmbacher
-
Isolation and characterization ...
Thermus aquaticus, Thermus aquaticus HB8
J. Gen. Microbiol.
136
679-686
1990
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
2
2
-
3
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6
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1
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2
2
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1
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1
6
1
-
-
2
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2761
Lee
Catalytic mechanism of xylose ...
Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes
J. Biol. Chem.
265
19082-19090
1990
-
-
1
-
1
-
-
7
-
-
-
-
-
7
-
-
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1
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2
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1
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1
-
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-
7
-
-
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1
-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2772
Lehmacher
Comparative kinetics of D-xylo ...
Thermus aquaticus, Thermus aquaticus HB8
Biol. Chem. Hoppe-Seyler
371
527-536
1990
-
-
-
-
-
-
8
5
-
4
-
-
-
5
-
-
-
-
-
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-
-
8
-
-
-
-
5
-
-
-
-
-
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-
-
8
-
5
-
4
-
-
-
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-
-
-
-
-
8
-
-
-
-
5
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2771
Henrick
Structures of D-xylose isomera ...
Arthrobacter sp.
J. Mol. Biol.
208
129-157
1989
-
-
-
1
-
-
2
-
-
-
-
-
-
2
-
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1
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1
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2
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-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2774
Kitada
-
Enzymatic properties of D-xylo ...
Bacillus sp., Bacillus sp. TX-3
Agric. Biol. Chem.
53
1461-1468
1989
-
-
-
-
-
-
-
2
-
-
2
-
-
2
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1
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1
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1
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1
-
2
1
1
-
1
-
1
-
1
-
-
-
-
-
-
-
2749
Tucker
-
Properties of genetically over ...
Escherichia coli
Biotechnol. Lett.
10
79-84
1988
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
2
-
-
1
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1
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1
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2
2
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1
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-
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2747
Kwon
-
Purification and properties of ...
Bacillus sp., Bacillus sp. No. KX-6
Agric. Biol. Chem.
51
1983-1989
1987
-
-
-
-
-
-
6
1
-
1
2
-
-
2
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1
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1
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6
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1
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2
1
1
2
3
-
1
1
1
-
-
-
-
-
-
-
2748
Farber
The 3.0 A crystal structure of ...
Streptomyces olivochromogenes
Protein Eng.
1
459-466
1987
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
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-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2746
Callens
-
Catalytic properties of D-xylo ...
Streptomyces violaceoruber
Enzyme Microb. Technol.
8
696-700
1986
-
-
-
-
-
1
3
2
-
4
-
-
-
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-
-
2
-
1
-
2
2
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2744
Roman
-
Kinetic studies of the enzymat ...
Bacillus sp.
Enzyme Microb. Technol.
7
129-133
1985
-
-
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
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-
-
1
-
-
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2745
Stevis
-
Overproduction of D-xylose iso ...
Escherichia coli
Enzyme Microb. Technol.
7
592-596
1985
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
1
-
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-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2741
Carrell
X-ray crystal structure of D-x ...
Streptomyces rubiginosus
J. Biol. Chem.
259
3230-3236
1984
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
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1
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1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2743
Vartak
-
Characterization of extracellu ...
Streptomyces sp.
Biotechnol. Lett.
6
493-494
1984
-
-
-
-
-
-
4
-
-
-
-
-
-
1
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4
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-
2
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2742
Schellenberg
Xylose isomerase from Escheric ...
Escherichia coli
J. Biol. Chem.
259
6826-6832
1983
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
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1
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1
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-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
658891
Straatsma
-
Isomerization of glucose to fr ...
Actinoplanes missouriensis, Bacillus coagulans, Streptomyces phaeochromogenes, Streptomyces rubiginosus
Ind. Eng. Chem. Process Des. Dev.
22
356-361
1983
-
4
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
4
-
-
-
-
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4
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-
4
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-
4
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4
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-
4
-
-
4
-
-
-
4
-
-
-
-
-
-
-
-
2740
Chen
Purification, immobilization, ...
Streptomyces flavogriseus
Appl. Environ. Microbiol.
38
1111-1119
1979
-
-
-
-
-
1
3
4
-
2
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-
1
-
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-
-
-
-
-
-
-
2739
Suekane
-
Physico-chemical and enzymatic ...
Geobacillus stearothermophilus, Streptomyces olivochromogenes
Agric. Biol. Chem.
42
909-917
1978
-
-
-
1
-
-
8
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-
-
4
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5
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8
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-
6
2
2
-
5
-
2
1
2
-
-
-
-
-
-
-
2738
Yamanaka
-
Purification and properties of ...
Lactobacillus brevis, Lactococcus lactis subsp. lactis
Agric. Biol. Chem.
41
1909-1915
1977
-
-
-
1
-
-
4
1
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2
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2
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1
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6
1
-
-
-
-
1
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1
-
-
-
-
-
-
-
2735
Sanchez
Properties of D-xylose isomera ...
Streptomyces albus, Streptomyces albus NRRL 5778
Appl. Microbiol.
29
745-750
1975
-
-
-
-
-
1
1
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-
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4
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10
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1
-
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-
10
-
1
-
-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2736
Yamanaka
D-Xylose isomerase from Lactob ...
Lactobacillus brevis
Methods Enzymol.
41B
466-471
1975
-
-
-
1
-
-
2
3
-
2
1
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1
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-
-
-
-
2737
Hogue-Angeletti
Subunit structure and amino ac ...
Streptomyces albus
J. Biol. Chem.
250
7814-7818
1975
-
-
-
-
-
-
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-
2
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2
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1
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-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2734
Berman
Crystallographic studies of D- ...
Streptomyces sp.
J. Biol. Chem.
249
3983-3984
1974
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