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show all sequences of 5.1.3.2

Purification and properties of UDP-galactose 4-epimerase from Bifidobacterium bifidum

Lee, L.J.; Kimura, A.; Tochikura, T.; Agric. Biol. Chem. 42, 731-737 (1978)
No PubMed abstract available

Data extracted from this reference:

Activating Compound
Activating Compound
Commentary
Organism
Structure
fructose 4-phosphate
stimulates
Bifidobacterium bifidum
fructose 6-phosphate
stimulates
Bifidobacterium bifidum
Galactose 1-phosphate
stimulates
Bifidobacterium bifidum
glucose 1-phosphate
stimulates
Bifidobacterium bifidum
glucose 6-phosphate
stimulates
Bifidobacterium bifidum
Inhibitors
Inhibitors
Commentary
Organism
Structure
fructose 1,6-diphosphate
inhibition is enhanced by combination with UMP
Bifidobacterium bifidum
Galactose plus UMP
strong inhibition in the presence of UMP, no inhibition by UMP or sugar alone
Bifidobacterium bifidum
Glucose plus UMP
strong inhibition in the presence of UMP, no inhibition by UMP or sugar alone
Bifidobacterium bifidum
HgCl2
-
Bifidobacterium bifidum
NEM
-
Bifidobacterium bifidum
p-chloromercuribenzoate
-
Bifidobacterium bifidum
UDP
-
Bifidobacterium bifidum
UTP
slightly
Bifidobacterium bifidum
KM Value [mM]
KM Value [mM]
KM Value Maximum [mM]
Substrate
Commentary
Organism
Structure
0.53
-
UDPgalactose
-
Bifidobacterium bifidum
1.4
-
UDPglucose
-
Bifidobacterium bifidum
Molecular Weight [Da]
Molecular Weight [Da]
Molecular Weight Maximum [Da]
Commentary
Organism
45000
-
2 * 45000, SDS-PAGE
Bifidobacterium bifidum
90000
-
gel filtration
Bifidobacterium bifidum
Organism
Organism
Primary Accession No. (UniProt)
Commentary
Textmining
Bifidobacterium bifidum
-
-
-
Purification (Commentary)
Commentary
Organism
-
Bifidobacterium bifidum
Specific Activity [micromol/min/mg]
Specific Activity Minimum [mol/min/mg]
Specific Activity Maximum [mol/min/mg]
Commentary
Organism
41.8
-
-
Bifidobacterium bifidum
Storage Stability
Storage Stability
Organism
4C or -20C, 0.2 mg/ml enzyme concentration, 0.01 M potassium phosphate buffer, pH 7.5. About 60% of the initial activity remains for 3 months at 4C without any protector, and in the presence of 20% glycerol more than 80% of the activity remains
Bifidobacterium bifidum
Substrates and Products (Substrate)
Substrates
Commentary Substrates
Literature (Substrates)
Organism
Products
Commentary (Products)
Literature (Products)
Organism (Products)
Reversibility
UDP-galactose
-
2315
Bifidobacterium bifidum
UDP-glucose
-
2315
Bifidobacterium bifidum
-
Subunits
Subunits
Commentary
Organism
dimer
2 * 45000, SDS-PAGE
Bifidobacterium bifidum
pH Optimum
pH Optimum Minimum
pH Optimum Maximum
Commentary
Organism
8
9
-
Bifidobacterium bifidum
pH Range
pH Minimum
pH Maximum
Commentary
Organism
7
9.7
7: about 50% of maximal activity, 9.7: about 40% of maximal activity
Bifidobacterium bifidum
Activating Compound (protein specific)
Activating Compound
Commentary
Organism
Structure
fructose 4-phosphate
stimulates
Bifidobacterium bifidum
fructose 6-phosphate
stimulates
Bifidobacterium bifidum
Galactose 1-phosphate
stimulates
Bifidobacterium bifidum
glucose 1-phosphate
stimulates
Bifidobacterium bifidum
glucose 6-phosphate
stimulates
Bifidobacterium bifidum
Inhibitors (protein specific)
Inhibitors
Commentary
Organism
Structure
fructose 1,6-diphosphate
inhibition is enhanced by combination with UMP
Bifidobacterium bifidum
Galactose plus UMP
strong inhibition in the presence of UMP, no inhibition by UMP or sugar alone
Bifidobacterium bifidum
Glucose plus UMP
strong inhibition in the presence of UMP, no inhibition by UMP or sugar alone
Bifidobacterium bifidum
HgCl2
-
Bifidobacterium bifidum
NEM
-
Bifidobacterium bifidum
p-chloromercuribenzoate
-
Bifidobacterium bifidum
UDP
-
Bifidobacterium bifidum
UTP
slightly
Bifidobacterium bifidum
KM Value [mM] (protein specific)
KM Value [mM]
KM Value Maximum [mM]
Substrate
Commentary
Organism
Structure
0.53
-
UDPgalactose
-
Bifidobacterium bifidum
1.4
-
UDPglucose
-
Bifidobacterium bifidum
Molecular Weight [Da] (protein specific)
Molecular Weight [Da]
Molecular Weight Maximum [Da]
Commentary
Organism
45000
-
2 * 45000, SDS-PAGE
Bifidobacterium bifidum
90000
-
gel filtration
Bifidobacterium bifidum
Purification (Commentary) (protein specific)
Commentary
Organism
-
Bifidobacterium bifidum
Specific Activity [micromol/min/mg] (protein specific)
Specific Activity Minimum [mol/min/mg]
Specific Activity Maximum [mol/min/mg]
Commentary
Organism
41.8
-
-
Bifidobacterium bifidum
Storage Stability (protein specific)
Storage Stability
Organism
4C or -20C, 0.2 mg/ml enzyme concentration, 0.01 M potassium phosphate buffer, pH 7.5. About 60% of the initial activity remains for 3 months at 4C without any protector, and in the presence of 20% glycerol more than 80% of the activity remains
Bifidobacterium bifidum
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Substrates
Commentary Substrates
Literature (Substrates)
Organism
Products
Commentary (Products)
Literature (Products)
Organism (Products)
Reversibility
UDP-galactose
-
2315
Bifidobacterium bifidum
UDP-glucose
-
2315
Bifidobacterium bifidum
-
Subunits (protein specific)
Subunits
Commentary
Organism
dimer
2 * 45000, SDS-PAGE
Bifidobacterium bifidum
pH Optimum (protein specific)
pH Optimum Minimum
pH Optimum Maximum
Commentary
Organism
8
9
-
Bifidobacterium bifidum
pH Range (protein specific)
pH Minimum
pH Maximum
Commentary
Organism
7
9.7
7: about 50% of maximal activity, 9.7: about 40% of maximal activity
Bifidobacterium bifidum
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No.
1st author
Pub Med
title
organims
journal
volume
pages
year
Activating Compound
Application
Cloned(Commentary)
Crystallization (Commentary)
Engineering
General Stability
Inhibitors
KM Value [mM]
Localization
Metals/Ions
Molecular Weight [Da]
Natural Substrates/ Products (Substrates)
Organic Solvent Stability
Organism
Oxidation Stability
Posttranslational Modification
Purification (Commentary)
Reaction
Renatured (Commentary)
Source Tissue
Specific Activity [micromol/min/mg]
Storage Stability
Substrates and Products (Substrate)
Subunits
Temperature Optimum [C]
Temperature Range [C]
Temperature Stability [C]
Turnover Number [1/s]
pH Optimum
pH Range
pH Stability
Cofactor
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Activating Compound (protein specific)
Application (protein specific)
Cloned(Commentary) (protein specific)
Cofactor (protein specific)
Crystallization (Commentary) (protein specific)
Engineering (protein specific)
General Stability (protein specific)
IC50 Value (protein specific)
Inhibitors (protein specific)
Ki Value [mM] (protein specific)
KM Value [mM] (protein specific)
Localization (protein specific)
Metals/Ions (protein specific)
Molecular Weight [Da] (protein specific)
Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
Organic Solvent Stability (protein specific)
Oxidation Stability (protein specific)
Posttranslational Modification (protein specific)
Purification (Commentary) (protein specific)
Renatured (Commentary) (protein specific)
Source Tissue (protein specific)
Specific Activity [micromol/min/mg] (protein specific)
Storage Stability (protein specific)
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Subunits (protein specific)
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Temperature Stability [C] (protein specific)
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pH Range (protein specific)
pH Stability (protein specific)
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Expression
General Information
General Information (protein specific)
Expression (protein specific)
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KCat/KM [mM/s] (protein specific)
747049
Chen
Characterization and mutation ...
Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pneumoniae ATCC BAA-334 / TIGR4
Biochemistry (Moscow)
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749106
Pardeshi
Rv3634c from Mycobacterium tu ...
Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis H37Rv
PLoS ONE
12
e0175193
2017
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Yin
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Transcriptome-guided discover ...
Ornithogalum longebracteatum
RSC Adv.
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Shin
The structural basis of subst ...
Thermotoga maritima, Thermotoga maritima ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099, Thermotoga maritima DSM 3109
Arch. Biochem. Biophys.
585
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747460
Beerens
UDP-hexose 4-epimerases a vie ...
Drosophila melanogaster, Escherichia coli, Homo sapiens, Marinithermus hydrothermalis, Marinithermus hydrothermalis DSM 14884 / JCM 11576 / T1, Saccharomyces cerevisiae, Saccharomyces cerevisiae ATCC 204508 / S288c, Streptococcus thermophilus, Thermus thermophilus, Thermus thermophilus SG0.5JP17-16
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Wang
UDP-D-galactose synthesis by ...
Arabidopsis thaliana, Arabidopsis thaliana Col-0
J. Plant Res.
128
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Lee
Overlapping and distinct roles ...
Aspergillus fumigatus, Aspergillus fumigatus Af293
J. Biol. Chem.
289
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Wen
The critical role of UDP-gala ...
Homo sapiens
Biochem. Biophys. Res. Commun.
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Park
Identification of the UDP-glu ...
Aspergillus niger, Aspergillus niger CBS 513.88 / FGSC A1513
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1
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Guevara
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Oryza sativa Japonica Group
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Beerens
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Schistosoma japonicum
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Kim
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Escherichia coli
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Sakuraba
Crystal structure of UDP-galac ...
Pyrobaculum calidifontis
Arch. Biochem. Biophys.
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Aspergillus nidulans
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Timson
Functional analysis of disease ...
Homo sapiens
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272
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661824
Santhanagopalan
Characterization of RP 333, a ...
Rickettsia prowazekii
Gene
369
119-125
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280
21900-21907
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4792-4802
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Kluyveromyces marxianus
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10212-10223
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712-724
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13C NMR analysis of electrosta ...
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An arginine residue is essenti ...
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1
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1
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-
-
1
-
-
-
-
-
-
-
2346
Thoden
Molecular structures of the S1 ...
Escherichia coli
Biochemistry
36
10685-10695
1997
-
-
-
-
3
-
-
-
-
-
-
-
-
2
-
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-
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-
1
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-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2337
Liu
UDP-galactose 4-epimerase: NAD ...
Escherichia coli
Biochemistry
35
7615-7620
1996
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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-
2
-
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-
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1
-
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1
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1
-
-
-
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-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
2338
Drmann
Functional expression of uridi ...
Arabidopsis thaliana
Arch. Biochem. Biophys.
327
27-34
1996
-
-
1
-
-
-
1
-
-
-
1
-
-
7
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2
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2
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1
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-
1
1
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-
-
-
-
-
-
2339
Prosselkov
-
Purification and characterizat ...
Galdieria sulphuraria
Physiol. Plant.
98
753-758
1996
-
-
-
-
-
-
1
1
-
-
3
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1
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-
1
-
1
1
-
-
-
-
-
-
-
-
2347
Thoden
High-resolution X-ray structur ...
Escherichia coli
Protein Sci.
5
2149-2161
1996
-
-
-
1
-
-
-
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-
2
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1
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-
-
-
-
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-
2348
Thoden
Molecular structure of the NAD ...
Escherichia coli
Biochemistry
35
5137-5144
1996
-
-
-
-
-
-
-
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2
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1
-
-
-
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-
-
-
-
-
-
-
2349
Thoden
Crystal structures of the oxid ...
Escherichia coli
Biochemistry
35
2557-2566
1996
-
-
-
1
-
-
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2
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1
-
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-
-
2354
Oguiza
The galE gene encoding the UDP ...
Corynebacterium glutamicum
Gene
177
103-107
1996
-
-
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1
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4
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1
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-
2336
Daude
Molecular cloning, characteriz ...
Homo sapiens
Biochem. Mol. Med.
56
1-7
1995
-
-
1
-
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1
1
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2332
Vanhooke
-
Characterization and activatio ...
Escherichia coli
J. Biol. Chem.
269
31596-31504
1994
-
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-
1
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-
-
-
-
2333
Skrzypek
A gene homologous to that enco ...
Pachysolen tannophilus
Gene
140
127-129
1994
-
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-
2334
De Troch
Sequence analysis of the Azosp ...
Azospirillum brasilense
Gene
144
143-144
1994
-
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-
2335
Tamada
Preparation and characterizati ...
Escherichia coli
Bioconjug. Chem.
5
660-665
1994
-
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-
2331
Bhattacharyya
Reversible folding of UDP-gala ...
Kluyveromyces marxianus
Biochemistry
32
9726-9734
1993
-
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-
2350
Swanson
Identification of lysine 153 a ...
Escherichia coli
Biochemistry
32
13231-13236
1993
-
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2
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4
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2330
Ray
Microenvironment at the substr ...
Kluyveromyces marxianus
Indian J. Biochem. Biophys.
29
209-213
1992
-
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2
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2351
Mukherji
An essential histidine residue ...
Kluyveromyces marxianus
J. Biol. Chem.
267
11709-11713
1992
-
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1
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2352
Bauer
The molecular structure of UDP ...
Escherichia coli
Proteins
12
372-381
1992
-
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3
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2328
Vorgias
Overexpression and purificatio ...
Escherichia coli
Protein Expr. Purif.
2
330-338
1991
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2329
Bauer
The isolation, purification, a ...
Escherichia coli
Proteins Struct. Funct. Genet.
9
135-142
1991
-
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2345
Flentke
Reaction of uridine diphosphat ...
Escherichia coli
Biochemistry
29
2430-2436
1990
-
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-
2353
Poolman
Carbohydrate utilization in St ...
Streptomyces thermophilus
J. Bacteriol.
172
4037-4047
1990
-
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-
-
-
2305
Arabshahi
Uridine diphosphate galactose ...
Escherichia coli
J. Biol. Chem.
263
2638-2643
1988
-
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1
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-
2306
Mukherji
UDP-glucose 4-epimerase from S ...
Saccharomyces fragilis
J. Biol. Chem.
261
4519-4524
1986
-
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3
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-
2344
Carmenes
Mechanism of inactivation of U ...
Saccharomyces cerevisiae
Yeast
2
101-108
1986
-
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2
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2307
Thomson
-
UDP-glucose-4-epimerase from P ...
Poterioochromonas malhamensis
Phytochemistry
23
979-981
1984
1
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-
2308
Dey
-
UDP-galactose 4'-epimerase fro ...
Vicia faba
Phytochemistry
23
729-732
1984
-
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2309
Fukasawa
Uridine diphosphate glucose-4- ...
Saccharomyces cerevisiae
Methods Enzymol.
89
584-592
1982
-
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2310
Bilisics
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IDP-D-glucose 4-epimerase acti ...
Populus alba
Collect. Czech. Chem. Commun.
47
1530-1536
1982
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2311
Fukasawa
The enzymes of the galactose c ...
Saccharomyces cerevisiae
J. Biol. Chem.
255
2705-2707
1980
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2312
Clermont
-
Uridine diphosphogalactose-4 e ...
Trigonella sp.
Phytochemistry
18
1963-1965
1979
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2313
Ray
UDPglucose 4-epimerase from Sa ...
Saccharomyces fragilis
Biochem. Biophys. Res. Commun.
85
242-248
1978
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2314
Ray
UDP-glucose 4-epimerase from S ...
Saccharomyces fragilis
Biochim. Biophys. Acta
526
635-639
1978
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2315
Lee
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Purification and properties of ...
Bifidobacterium bifidum
Agric. Biol. Chem.
42
731-737
1978
5
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2316
Geren
Inhibition and inactivation of ...
Bos taurus
J. Biol. Chem.
252
2089-2094
1977
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5
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2317
Geren
Purification and characterizat ...
Bos taurus
J. Biol. Chem.
252
2082-2088
1977
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2318
Blackburn
The concerted inactivation of ...
Escherichia coli
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155
225-229
1976
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2319
Ray
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70
319-323
1976
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2320
Gabrial
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UDP-galactose-4-epimerase ...
Bos taurus, Escherichia coli, Kluyveromyces marxianus, Saccharomyces fragilis, Torulopsis candida, Vigna radiata var. radiata
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2
85-135
1975
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2321
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UDPglucose 4-epimerase from Sa ...
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67
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1975
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2322
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UDPglucose 4-epimerase from Sa ...
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250
4373-4375
1975
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2323
Bergren
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Uridine diphosphate galactose ...
Felis catus, Homo sapiens, Mus musculus
Biochim. Biophys. Acta
315
464-472
1973
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Adair
4-Uloses as intermediates in e ...
Escherichia coli
J. Biol. Chem.
248
4635-4639
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2325
Ray
Two forms of UDPglucose-4-epim ...
Bos taurus, Capra hircus
Biochim. Biophys. Acta
302
129-134
1973
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Spencer
Competitive inhibition and sub ...
Escherichia coli
Biochem. J.
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421-423
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Wilson
The enzymes of the galactose o ...
Escherichia coli
J. Biol. Chem.
239
2469-2481
1964
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