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A new crystal form of a hyperthermophilic endocellulase

Kataoka, M.; Ishikawa, K.; Acta Crystallogr. Sect. F 70, 878-883 (2014)

Data extracted from this reference:

Crystallization (Commentary)
Crystallization
Organism
crystallization of protein at pH 5.5. Crystal form has the symmetry of space group C2. Two molecules of the enzyme are observed in the asymmetric unit. Crystal packing is weak at pH 5.5 owing to two flexible interfaces between symmetry-related molecules. Comparison of the enzyme structures obtained at pH 9.0 and pH 5.5 reveals a significant conformational difference at the active centre and in the surface loops; hanging-drop vapour-diffusion method at pH 5.5. Crystal form has the symmetry of space group C2. Two molecules of the enzyme are observed in the asymmetric unit. Comparison of the structures obtained at pH 9.0 and pH 5.5 reveals a significant conformational difference at the active centre and in the surface loops
Pyrococcus furiosus
Organism
Organism
Primary Accession No. (UniProt)
Commentary
Textmining
Pyrococcus furiosus
E7FHY8
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Pyrococcus furiosus
Q9V2T0
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Crystallization (Commentary) (protein specific)
Crystallization
Organism
crystallization of protein at pH 5.5. Crystal form has the symmetry of space group C2. Two molecules of the enzyme are observed in the asymmetric unit. Crystal packing is weak at pH 5.5 owing to two flexible interfaces between symmetry-related molecules. Comparison of the enzyme structures obtained at pH 9.0 and pH 5.5 reveals a significant conformational difference at the active centre and in the surface loops
Pyrococcus furiosus
hanging-drop vapour-diffusion method at pH 5.5. Crystal form has the symmetry of space group C2. Two molecules of the enzyme are observed in the asymmetric unit. Comparison of the structures obtained at pH 9.0 and pH 5.5 reveals a significant conformational difference at the active centre and in the surface loops
Pyrococcus furiosus
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organims
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Activating Compound
Application
Cloned(Commentary)
Crystallization (Commentary)
Engineering
General Stability
Inhibitors
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Metals/Ions
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Posttranslational Modification
Purification (Commentary)
Reaction
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Application (protein specific)
Cloned(Commentary) (protein specific)
Cofactor (protein specific)
Crystallization (Commentary) (protein specific)
Engineering (protein specific)
General Stability (protein specific)
IC50 Value (protein specific)
Inhibitors (protein specific)
Ki Value [mM] (protein specific)
KM Value [mM] (protein specific)
Localization (protein specific)
Metals/Ions (protein specific)
Molecular Weight [Da] (protein specific)
Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
Organic Solvent Stability (protein specific)
Oxidation Stability (protein specific)
Posttranslational Modification (protein specific)
Purification (Commentary) (protein specific)
Renatured (Commentary) (protein specific)
Source Tissue (protein specific)
Specific Activity [micromol/min/mg] (protein specific)
Storage Stability (protein specific)
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Subunits (protein specific)
Temperature Optimum [C] (protein specific)
Temperature Range [C] (protein specific)
Temperature Stability [C] (protein specific)
Turnover Number [1/s] (protein specific)
pH Optimum (protein specific)
pH Range (protein specific)
pH Stability (protein specific)
pI Value (protein specific)
Expression
General Information
General Information (protein specific)
Expression (protein specific)
KCat/KM [mM/s]
KCat/KM [mM/s] (protein specific)
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Fusco
Biochemical characterization ...
Dictyoglomus turgidum, Dictyoglomus turgidum DSM 6724
Extremophiles
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Chahed
Heterologous expression and b ...
Sclerotinia sclerotiorum
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Characterization of a multimo ...
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Structure, computational and ...
Phanerochaete chrysosporium
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Actinomyces sp. 40, Actinomyces sp. 40 Korean Native Goat 40
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Rasamsonia emersonii
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Kishishita
Heterologous expression of hyp ...
Pyrococcus furiosus, Pyrococcus horikoshii
J. Ind. Microbiol. Biotechnol.
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Trichoderma reesei
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Rawat
An acidothermophilic functiona ...
Aspergillus niger, Aspergillus niger HO
Antonie Van Leeuwenhoek
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Alicyclobacillus vulcanalis
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Alkali-stable cellulase from a ...
Gracilibacillus sp., Gracilibacillus sp. SK1
Biomass Bioenergy
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Bioprocess Biosyst. Eng.
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Reliable simultaneous zymograp ...
Trichoderma sp.
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Synergistic function of four n ...
bacterium enrichment culture
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Ganoderma lucidum
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Enhancing cellulase production ...
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Ge
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Isolation, purification, and e ...
Trichoderma koningii, Trichoderma koningii SG0026
Mod. Food Sci. Technol.
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Xu
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A novel GH7 endo-beta-1,4-gluc ...
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Shrestha
Fungi isolated from Miscanthus ...
Alternaria sp., Arthrinium sp., Aspergillus sp., Aureobasidium sp., Bipolaris sp., Cephalosporium sp., Chloridium sp., Cladosporium sp., Cordyceps sp., Dothideomycetes sp., Epicoccum sp., Exophiala sp., Microdochium sp., Minimidochium sp. TMS-2011, Neurospora crassa, Nigrospora sp., Penicillium sp., Phanerochaete chrysosporium, Phoma sp., Postia placenta, Sporothrix sp., Trichoderma reesei, Trichoderma sp.
Biotechnol. Biofuels
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Bioprocess Biosyst. Eng.
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Thermoascus aurantiacus, Thermoascus aurantiacus RBB-1
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Acta Crystallogr. Sect. F
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Complete saccharification of b ...
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Novel substrates for the measu ...
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Bacillus pumilus S124A carboxy ...
Bacillus pumilus, Bacillus pumilus S124A
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Effect of nickel-cobaltite nan ...
Aspergillus fumigatus, Aspergillus fumigatus NS
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Stability of endoglucanases fr ...
Thermotoga maritima, Trichoderma longibrachiatum
Enzyme Microb. Technol.
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Kim
Bi-functional cellulases compl ...
Ruminiclostridium thermocellum, Ruminiclostridium thermocellum DSM 1237
Enzyme Microb. Technol.
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736279
Kowsalya
-
Optimization, purification and ...
Bacillus subtilis, Bacillus subtilis KG10
Int. J. Pharm. Bio. Sci.
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B432-B448
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Zhang
Improving Trichoderma reesei C ...
Trichoderma reesei, Trichoderma reesei QM6a
J. Chem. Inf. Model.
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2826-2833
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736576
Lan Thanh Bien
Secretion of heterologous ther ...
Ruminiclostridium thermocellum, Ruminiclostridium thermocellum DSM 1237
J. Gen. Appl. Microbiol.
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Skovgaard
Recovery of cellulase activity ...
Trichoderma reesei
J. Ind. Microbiol. Biotechnol.
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736609
Zhang
-
Increase in stability of cellu ...
Talaromyces cellulolyticus
J. Magnet. Magnet. Mat.
375
117-123
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736624
Zhao
Identification and characteriz ...
uncultured bacterium
J. Microbiol. Biotechnol.
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Zafar
Recombinant expression and cha ...
Bacillus subtilis, Bacillus subtilis JS2004
Mol. Biol. Rep.
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Woo
First thermostable endo-beta-1 ...
Xanthomonas sp. EC102
Protein J.
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Chong
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Stability of endoglucanases f ...
Thermotoga maritima, Trichoderma longibrachiatum
Enzyme Microb. Technol.
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Kataoka
A new crystal form of a hyper ...
Pyrococcus furiosus
Acta Crystallogr. Sect. F
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724605
Nakahira
Overproduction of hyperthermos ...
Pyrococcus horikoshii
Biosci. Biotechnol. Biochem.
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Kufner
Construction of a chimeric the ...
Sulfolobus solfataricus, Sulfolobus solfataricus P2, Thermotoga maritima
BMC Biochem.
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Kim
The role of disulfide bond in ...
Pyrococcus horikoshii, Pyrococcus horikoshii OT-3
Extremophiles
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Li
Characterization of a halostab ...
Haloarcula sp., Haloarcula sp. G10
Int. J. Biol. Macromol.
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Li
Halostable cellulase with orga ...
Haloarcula sp., Haloarcula sp. LLSG7
J. Ind. Microbiol. Biotechnol.
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Bendig
Reaction engineering analysis ...
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Bioprocess Biosyst. Eng.
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Thongekkaew
Fusion of cellulose binding do ...
Cryptococcus sp., Trichoderma reesei
Enzyme Microb. Technol.
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Xia
cDNA cloning, expression, and ...
Batocera horsfieldi
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Harshvardhan
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Purification and characterizat ...
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J. Mol. Catal. B
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Chen
Improved activity of a thermop ...
Thermotoga maritima, Thermotoga maritima DSM 3109
PLoS ONE
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Deka
Purification and characterizat ...
Bacillus subtilis, Bacillus subtilis AS3
Prep. Biochem. Biotechnol.
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van den Brink
Efficient plant biomass degrad ...
Aspergillus niger, Thermothelomyces heterothallica, Thermothelomyces heterothallica CBS 202.75, Thermothelomyces heterothallica CBS 663.74, Thermothelomyces thermophila, Thermothelomyces thermophila ATCC 424674, Trichoderma reesei
Appl. Environ. Microbiol.
79
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Enhancement of cellulase acti ...
Thermoascus aurantiacus, Thermoascus aurantiacus RBB1
Biocatal. Agricult. Biotechnol.
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Protein Eng. Des. Sel.
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Crystallization and preliminar ...
Pyrococcus furiosus
Acta Crystallogr. Sect. F
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The N-terminal beta-sheet of t ...
Pyrococcus horikoshii, Pyrococcus horikoshii DSM 12428
Appl. Environ. Microbiol.
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Atomic resolution of the cryst ...
Pyrococcus furiosus
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Production of cellulase by imm ...
Haloarcula sp., Haloarcula sp. 2TK2
Prikl. Biokhim. Mikrobiol.
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Purification and biochemical c ...
Bacillus mycoides, Bacillus mycoides S122C
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Characterization of a commerci ...
Trichoderma reesei, Trichoderma reesei NS 50013
Bioprocess Biosyst. Eng.
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Effects of salts on activity o ...
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Purification and characterizat ...
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Improvement of cellulase activ ...
Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus amyloliquefaciens DL-3
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Selection of thermophilic and ...
Aspergillus fumigatus, Aspergillus fumigatus M.7.1, Thermothelomyces thermophila, Thermothelomyces thermophila M.7.7
Braz. J. Microbiol.
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Thermostable endoglucanases i ...
Thermoascus aurantiacus
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Functional analysis of hypert ...
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Talaromyces cellulolyticus
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Gene cloning and expression of ...
Bispora sp. MEY-1
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Influence of culture aeration ...
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Mesocentrotus nudus
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Inhibition of cellulases by ph ...
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Cloning and expression of a no ...
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Mol. Biol. Rep.
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Biores. Technol.
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Datta
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High-level bacterial cellulase ...
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Wu
Comparative characterization o ...
Volvariella volvacea
J. Biotechnol.
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364-369
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Kang
Analysis of active center in h ...
Pyrococcus horikoshii
J. Microbiol. Biotechnol.
17
1249-1253
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Cha
Effect of multiple copies of c ...
Clostridium cellulovorans
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The brown-rot basidiomycete Fo ...
Fomitopsis palustris
J. Microbiol. Biotechnol.
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Jorgensen
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Production of cellulases by Pe ...
Penicillium brasilianum, Penicillium brasilianum IBT 20888
Enzyme Microb. Technol.
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Zeng
Characterization and gene clon ...
Pseudoalteromonas sp., Pseudoalteromonas sp. DY3
Extremophiles
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Hirasawa
Salt-activated endoglucanase o ...
Salipaludibacillus agaradhaerens, Salipaludibacillus agaradhaerens JAM-KU023
Antonie van Leeuwenhoek
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Berlin
Evaluation of cellulase prepar ...
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Arai
Properties of cellulosomal fam ...
Clostridium cellulovorans
Appl. Microbiol. Biotechnol.
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Liu
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Purification and characterizat ...
Trichoderma viride
Biochem. Eng. J.
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Ogura
Purification, characterization ...
Lysobacter sp., Lysobacter sp. IB-9374
Biosci. Biotechnol. Biochem.
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Molecular cloning, expression, ...
Apriona germari
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Wulff
Expression and purification of ...
Xylella fastidiosa
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Voget
Characterization of a metageno ...
unidentified microorganism
J. Biotechnol.
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Yasutake
Structural characterization of ...
Komagataeibacter xylinus
Proteins
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Liu
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Improvement of the cellulolyti ...
Trichoderma reesei
World J. Microbiol. Biotechnol.
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Kaur
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Regulation of cellulase produ ...
Mycothermus thermophilus, Mycothermus thermophilus MTCC 4520
Enzyme Microb. Technol.
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931-936
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Li
Purification and characterizat ...
Ampullaria crossean
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Najmudin
Overexpression, purification a ...
Ruminiclostridium thermocellum
Acta Crystallogr. Sect. F
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Bakare
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Purification and characterizat ...
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Yoda
Cloning, sequencing, and expre ...
Eubacterium cellulosolvens
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Lima
Molecular characterization of ...
Bacillus pumilus
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Larsson
Crystal structure of Thermobif ...
Thermobifida fusca
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Baba
Purification and characterizat ...
Beltraniella portoricensis
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664425
Kim
Purification and characterizat ...
Bacillus sp. (in: Bacteria), Bacillus sp. (in: Bacteria) HSH-810
Biotechnol. Lett.
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Kashima
Analysis of the function of a ...
Pyrococcus horikoshii
Extremophiles
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Sandgren
Structural and biochemical stu ...
Clonostachys rosea, Fusarium striatum, Humicola grisea, Trichoderma citrinoviride, Trichoderma koningii, Trichoderma reesei
Prog. Biophys. Mol. Biol.
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246-291
2005
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724215
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385
581-588
2005
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-
741841
Huang
A highly acid-stable and ther ...
Sulfolobus solfataricus, Sulfolobus solfataricus DSM 1617
Biochem. J.
15
581-588
2005
-
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655382
Miettinen-Oinonen
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Three cellulases from Melanoca ...
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Enzyme Microb. Technol.
34
332-341
2004
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656438
Singh
Purification and characterisat ...
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31
51-56
2004
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663729
Sul
Characterization and molecular ...
Trichoderma sp., Trichoderma sp. C-4
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66
63-70
2004
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Garsoux
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247-253
2004
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664050
Zhou
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Thermobifida fusca, Thermobifida fusca Cel9A
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43
9655-9663
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664143
Bukhtojarov
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69
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-
664258
Bukhtojarov
Cellulase complex of the fungu ...
Chrysosporium lucknowense
Biokhimiya
69
542-551
2004
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664399
Gruno
Inhibition of the Trichoderma ...
Trichoderma reesei
Biotechnol. Bioeng.
86
503-511
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664406
Rajoka
Kinetic of improved production ...
Cellulomonas biazotea, Cellulomonas biazotea NIAB 442
Biotechnol. Lett.
26
1329-1333
2004
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665327
Ito
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Hydrolysis of water-soluble an ...
Komagataeibacter xylinus
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51
297-301
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666227
Xu
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Purification and characterizat ...
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144
947-953
2004
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666469
Saad
-
Purification and some properti ...
Trichoderma longibrachiatum
New Egypt. J. Microbiol.
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666605
del Campillo
Root cap specific expression o ...
Arabidopsis thaliana
Plant Mol. Biol.
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666678
Real
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Planta
220
80-86
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666698
Saha
-
Production, purification and p ...
Mucor circinelloides, Mucor circinelloides NRRL 26519
Proc. Biochem.
39
1871-1876
2004
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742405
Miettinen-Oinonen
-
Three cellulases from Melanoc ...
Melanocarpus albomyces, Melanocarpus albomyces ALKO4237
Enzyme Microb. Technol.
34
332-341
2004
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654070
Violot
Expression, purification, crys ...
Pseudoalteromonas haloplanktis
Acta Crystallogr. Sect. D
59
1256-1258
2003
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655042
Yasutake
Synthesis of glyceroyl beta-N- ...
Trichoderma reesei
Biosci. Biotechnol. Biochem.
67
1530-1536
2003
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655378
Li
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Purification and characterizat ...
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Enzyme Microb. Technol.
33
932-937
2003
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655464
Sugimura
Purification, characterization ...
Psacothea hilaris
Eur. J. Biochem.
270
3455-3460
2003
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655859
Arai
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185
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657228
Andre
Computational and experimental ...
Thermobifida fusca
Protein Eng.
16
125-134
2003
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657261
Wang
A monovalent anion affected mu ...
Ampullaria crossean
Protein Expr. Purif.
31
108-114
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742404
Li
-
Purification and characteriza ...
Chaetomium thermophilum, Chaetomium thermophilum CT2
Enzyme Microb. Technol.
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932-937
2003
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654619
Parsiegla
Crystal structure of the cellu ...
Clostridium cellulolyticum
Biochemistry
41
11134-11142
2002
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Murashima
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Purification and characterizat ...
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Chaetomium thermophilum var. coprophilum
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Cellulae enzymes and the evolu ...
Herpetomonas muscarum, Leishmania braziliensis, Leishmania donovani, Leishmania major, Leptomonas seymouri, Phytomonas davidi, Trypanosoma brucei brucei
Digging for Pathogens, Ancient Emerging Diseases. Their Evolutionary, Anthropological and Archaeological Context (Greenblatt, C. L. , ed. )
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