BRENDA - Enzyme Database
show all sequences of 1.12.99.6

High yield purification of a tagged cytoplasmic [NiFe]-hydrogenase and a catalytically-active nickel-free intermediate form

Chandrayan, S.K.; Wu, C.H.; McTernan, P.M.; Adams, M.W.; Protein Expr. Purif. 107, 90-94 (2015)

Data extracted from this reference:

Localization
Localization
Commentary
Organism
GeneOntology No.
Textmining
cytoplasm
-
Pyrococcus furiosus
5737
-
Natural Substrates/ Products (Substrates)
Natural Substrates
Organism
Commentary (Nat. Sub.)
Natural Products
Commentary (Nat. Pro.)
Organism (Nat. Pro.)
Reversibility
H2 + NADPH
Pyrococcus furiosus
-
NADP + H+
-
-
?
H2 + NADPH
Pyrococcus furiosus MW0430
-
NADP + H+
-
-
?
Organism
Organism
Primary Accession No. (UniProt)
Commentary
Textmining
Pyrococcus furiosus
-
-
-
Pyrococcus furiosus MW0430
-
-
-
Purification (Commentary)
Commentary
Organism
Ni-NTA column chromatography
Pyrococcus furiosus
Substrates and Products (Substrate)
Substrates
Commentary Substrates
Literature (Substrates)
Organism
Products
Commentary (Products)
Literature (Products)
Organism (Products)
Reversibility
H2 + NADPH
-
743732
Pyrococcus furiosus
NADP + H+
-
-
-
?
H2 + NADPH
-
743732
Pyrococcus furiosus MW0430
NADP + H+
-
-
-
?
Subunits
Subunits
Commentary
Organism
heterotetramer
-
Pyrococcus furiosus
Cofactor
Cofactor
Commentary
Organism
Structure
FAD
-
Pyrococcus furiosus
[2Fe-2S]-center
-
Pyrococcus furiosus
[4Fe-4S]-center
-
Pyrococcus furiosus
Cofactor (protein specific)
Cofactor
Commentary
Organism
Structure
FAD
-
Pyrococcus furiosus
[2Fe-2S]-center
-
Pyrococcus furiosus
[4Fe-4S]-center
-
Pyrococcus furiosus
Localization (protein specific)
Localization
Commentary
Organism
GeneOntology No.
Textmining
cytoplasm
-
Pyrococcus furiosus
5737
-
Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
Natural Substrates
Organism
Commentary (Nat. Sub.)
Natural Products
Commentary (Nat. Pro.)
Organism (Nat. Pro.)
Reversibility
H2 + NADPH
Pyrococcus furiosus
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NADP + H+
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?
H2 + NADPH
Pyrococcus furiosus MW0430
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NADP + H+
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?
Purification (Commentary) (protein specific)
Commentary
Organism
Ni-NTA column chromatography
Pyrococcus furiosus
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Substrates
Commentary Substrates
Literature (Substrates)
Organism
Products
Commentary (Products)
Literature (Products)
Organism (Products)
Reversibility
H2 + NADPH
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743732
Pyrococcus furiosus
NADP + H+
-
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?
H2 + NADPH
-
743732
Pyrococcus furiosus MW0430
NADP + H+
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Subunits (protein specific)
Subunits
Commentary
Organism
heterotetramer
-
Pyrococcus furiosus
Other publictions for EC 1.12.99.6
No.
1st author
Pub Med
title
organims
journal
volume
pages
year
Activating Compound
Application
Cloned(Commentary)
Crystallization (Commentary)
Engineering
General Stability
Inhibitors
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Localization
Metals/Ions
Molecular Weight [Da]
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Organism
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Posttranslational Modification
Purification (Commentary)
Reaction
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Source Tissue
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Storage Stability
Substrates and Products (Substrate)
Subunits
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Engineering (protein specific)
General Stability (protein specific)
IC50 Value (protein specific)
Inhibitors (protein specific)
Ki Value [mM] (protein specific)
KM Value [mM] (protein specific)
Localization (protein specific)
Metals/Ions (protein specific)
Molecular Weight [Da] (protein specific)
Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
Organic Solvent Stability (protein specific)
Oxidation Stability (protein specific)
Posttranslational Modification (protein specific)
Purification (Commentary) (protein specific)
Renatured (Commentary) (protein specific)
Source Tissue (protein specific)
Specific Activity [micromol/min/mg] (protein specific)
Storage Stability (protein specific)
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Subunits (protein specific)
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Temperature Range [C] (protein specific)
Temperature Stability [C] (protein specific)
Turnover Number [1/s] (protein specific)
pH Optimum (protein specific)
pH Range (protein specific)
pH Stability (protein specific)
pI Value (protein specific)
Expression
General Information
General Information (protein specific)
Expression (protein specific)
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KCat/KM [mM/s] (protein specific)
742265
Flanagan
Re-engineering a NiFe hydroge ...
Escherichia coli
Chem. Commun. (Camb.)
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9133-9136
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Filippi
DFT dissection of the reducti ...
Clostridium pasteurianum
Inorg. Chem.
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Physiology and bioenergetics ...
Escherichia coli
J. Bacteriol.
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Chandrayan
High yield purification of a ...
Pyrococcus furiosus, Pyrococcus furiosus MW0430
Protein Expr. Purif.
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Finkelmann
Kinetic modeling of hydrogen c ...
synthetic construct
J. Phys. Chem. B
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4806-4817
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Volbeda
Crystal structure of the O(2)- ...
Escherichia coli
Structure
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184-190
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Sasaki
Characterization and in vitro ...
Thermococcus kodakarensis
Biochem. Biophys. Res. Commun.
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192-196
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Abou Hamdan
Understanding and tuning the c ...
Desulfovibrio fructosivorans
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Tremblay
Role of the NiFe hydrogenase H ...
Geobacter sulfurreducens
J. Bacteriol.
194
2248-2253
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725908
Pinske
Analysis of hydrogenase 1 leve ...
Escherichia coli
Microbiology
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856-868
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Vargas
A [NiFe]-hydrogenase from Alte ...
Alteromonas macleodii
Appl. Environ. Microbiol.
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Camsund
A HupS-GFP fusion protein demo ...
Nostoc punctiforme, Nostoc punctiforme ATCC 29133
FEMS Microbiol. Lett.
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726038
Fritsch
The crystal structure of an ox ...
Cupriavidus necator, Cupriavidus necator DSM 428
Nature
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249-253
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Rippers
Insights into the structure of ...
Cupriavidus necator, Cupriavidus necator DSM 428
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Nishimura
Purification and characterizat ...
Hydrogenimonas thermophila, Hydrogenimonas thermophila EPI-55-1%T
Biosci. Biotechnol. Biochem.
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711862
Constant
Streptomycetes contributing to ...
Streptomyces sp., Streptomyces sp. PCB7
Environ. Microbiol.
12
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713368
Ciccolella
Symbiotic legume nodules emplo ...
Azorhizobium caulinodans, Azorhizobium caulinodans ORS571, 57100
PLoS ONE
5
e12094
2010
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713374
Barz
Distribution analysis of hydro ...
Acaryochloris marina, Arthrospira maxima, Arthrospira maxima CS-328, Arthrospira maxima FACHBSM, Arthrospira platensis, Arthrospira platensis FACHB341, Arthrospira platensis FACHB439, Arthrospira platensis FACHB440, Arthrospira platensis FACHB791, Arthrospira platensis FACHBOUQDS6, Arthrospira platensis Paraca, Candidatus Atelocyanobacterium thalassa, Coleofasciculus chthonoplastes, Coleofasciculus chthonoplastes PCC 7420, Crocosphaera watsonii, Crocosphaera watsonii WH 8501, Cronbergia siamensis SAG 11.82, Cronbergia siamensis SAG 11.82 TISTR 8012, Cyanobium sp., Cyanobium sp. PCC 7001, Cyanothece sp. ATCC 51142, Cyanothece sp. ATCC 51142 CCY 0110, Cyanothece sp. ATCC 51142 PCC 7424, Cyanothece sp. ATCC 51142 PCC 7425b, Cyanothece sp. ATCC 51142 PCC 7822, Cyanothece sp. ATCC 51142 PCC 8801, Cyanothece sp. ATCC 51142 PCC 8802, Cylindrospermopsis raciborskii, Cylindrospermopsis raciborskii CS-505, Gloeobacter violaceus, Gloeocapsa alpicola, Gloeocapsa alpicola CALU 743, Lyngbya aestuarii, Lyngbya aestuarii CCY 9616, Lyngbya majuscula, Lyngbya majuscula CCAP 1446/4, Lyngbya sp., Lyngbya sp. PCC 8106, Microcystis aeruginosa, Microcystis aeruginosa NIES-843, Nodularia spumigena, Nodularia spumigena CCY 9414, 'Nostoc azollae' 0708, Nostoc punctiforme, Nostoc sp., Nostoc sp. PCC 7422, Prochlorococcus marinus, Prochlorococcus marinus AS9601, Prochlorococcus marinus MIT 9211, Prochlorococcus marinus MIT 9215, Prochlorococcus marinus MIT 9301, Prochlorococcus marinus MIT 9303, Prochlorococcus marinus MIT 9312, Prochlorococcus marinus MIT 9313, Prochlorococcus marinus MIT 9515, Prochlorococcus marinus NATL1A, Prochlorococcus marinus NATL2A, Prochlorococcus marinus subsp. marinus, Prochlorococcus marinus subsp. marinus CCMP1375, Prochlorococcus marinus subsp. pastoris, Prochlorococcus marinus subsp. pastoris CCMP1986, Prochlorothrix hollandica, Raphidiopsis brookii, Raphidiopsis brookii D9, Spirulina subsalsa, Spirulina subsalsa FACHB351, Synechococcus elongatus, Synechococcus sp., Synechococcus sp. BL107, Synechococcus sp. CC9311, Synechococcus sp. CC9902, Synechococcus sp. JA-3-3Ab, Synechococcus sp. PCC 7335, Synechococcus sp. RCC307, Synechococcus sp. RS9916, Synechococcus sp. WH 7803, Synechocystis sp., Thermosynechococcus elongatus, Trichodesmium erythraeum, Trichormus variabilis
PLoS ONE
5
e13846
2010
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702254
Lill
An autocatalytic mechanism for ...
Desulfovibrio fructosivorans
Biochemistry
48
1056-1066
2009
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702307
Stripp
The structure of the active si ...
Chlamydomonas reinhardtii
Biochemistry
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5042-5049
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Mulder
Activation of HydA(DeltaEFG) r ...
Chlamydomonas reinhardtii
Biochemistry
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6240-6248
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Bodo
Concentration-dependent front ...
Thiocapsa roseopersicina
Biophys. J.
96
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Wright
Protonation of a subsite analo ...
synthetic construct
Chem. Commun. (Camb. )
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Ichikawa
Critical aspects of [NiFe]hydr ...
Desulfovibrio gigas
Dalton Trans.
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4304-4309
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703361
Green
Resin-bound models of the [FeF ...
synthetic construct
Dalton Trans.
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4344-4350
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Pilet
The role of the maturase HydG ...
Chlamydomonas reinhardtii, Clostridium acetobutylicum, Desulfovibrio vulgaris, Thermotoga maritima
FEBS Lett.
583
506-511
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Hiromoto
The crystal structure of C176A ...
Methanocaldococcus jannaschii
FEBS Lett.
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Yoon
Purification and biochemical c ...
Hydrogenophaga sp., Hydrogenophaga sp. AH-24
FEMS Microbiol. Lett.
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Stiebritz
Theoretical study of dioxygen ...
Clostridium pasteurianum
Inorg. Chem.
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Chiang
Biomimetic model featuring the ...
synthetic construct
Inorg. Chem.
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Shaw
Identification of the [FeFe]-h ...
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J. Bacteriol.
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Saggu
Spectroscopic insights into th ...
Cupriavidus necator H16
J. Biol. Chem.
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16264-16276
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Ludwig
Concerted action of two novel ...
Cupriavidus necator H16
J. Biol. Chem.
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2159-2168
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Nishimura
Purification and characterizat ...
Aeropyrum camini, Aeropyrum camini SY1 / ATCC BAA-758 / DSM 16960 / JCM 2091, Persephonella hydrogeniphila, Persephonella hydrogeniphila 29W / DSM 15103 / JCM11663
J. Biosci. Bioeng.
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Kuchenreuther
Tyrosine, cysteine, and S-aden ...
Chlamydomonas reinhardtii
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Zbell
Role of the Hya hydrogenase in ...
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Appl. Environ. Microbiol.
75
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Seabra
Immunolocalization of the upta ...
Lyngbya majuscula, Lyngbya majuscula CCAP 1446/4, Nostoc punctiforme, Nostoc sp.
FEMS Microbiol. Lett.
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Cracknell
A kinetic and thermodynamic un ...
Cupriavidus necator, Cupriavidus necator H16 / ATCC 23440 / NCIB 10442 / S-10-1
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Maeda
Protein engineering of hydroge ...
Escherichia coli, Escherichia coli K-12 BW25113
Appl. Microbiol. Biotechnol.
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Hong
Identification of an uptake hy ...
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The exchange activities of [Fe ...
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The crystal structure of [Fe]- ...
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Desulfovibrio vulgaris Hildenb ...
Desulfovibrio vulgaris
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Windhager
Oxidation of diiron and triiro ...
synthetic construct
Chem. Biodivers.
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Wang
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Barton
Terminal hydride in [FeFe]-hyd ...
synthetic construct
Inorg. Chem.
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Tye
Refining the active site struc ...
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Inorg. Chem.
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Redox and structural propertie ...
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Nitrosyl derivatives of diiron ...
synthetic construct
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Parkin
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Characterization of a cyanobac ...
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Ghirardi
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Escherichia coli hydrogenase 3 ...
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Carbamoylphosphate serves as t ...
Cupriavidus necator, Cupriavidus necator H16 / ATCC 23440 / NCIB 10442 / S-10-1
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An autocatalytic step in the r ...
Thiocapsa roseopersicina
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A simplified method for assay ...
Klebsiella aerogenes
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A model system for [NiFe] hydr ...
Cupriavidus necator
FEBS Lett.
579
4292-4296
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674448
Buhrke
Oxygen tolerance of the H2-sen ...
Cupriavidus necator, Cupriavidus necator H16 / ATCC 23440 / NCIB 10442 / S-10-1
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280
23791-23796
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Ogata
Activation process of [NiFe] h ...
Desulfovibrio vulgaris, Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F
Structure
13
1635-1642
2005
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Mishra
Molecular cloning, characteriz ...
Enterobacter cloacae, Enterobacter cloacae IIT-BT 08
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324
679-685
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George
Reactions of H2, CO, and O2 wi ...
Allochromatium vinosum
Biochemistry
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6808-6819
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Zadvorny
Properties of stable hydrogena ...
Lamprobacter modestohalophilus
Biochemistry
69
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Coppi
Identification of an uptake hy ...
Geobacter sulfurreducens
J. Bacteriol.
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3022-3028
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Dementin
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279
10508-10513
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Gross
Characterization of the menaqu ...
Wolinella succinogenes
J. Biol. Chem.
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Oliveira
Characterization and transcrip ...
Gloeothece sp.
Microbiology
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Foerster
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83-93
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Chardin
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Rodrigues
A novel membrane-bound Ech [Ni ...
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366-375
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Jones
Enzyme electrokinetics: electr ...
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125
8505-8514
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DeLacey
Spectroscopic and kinetic char ...
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Laska
Membrane-bound hydrogenase and ...
Acidianus ambivalens
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Functional analysis by site-di ...
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Ogata
Structural studies of the carb ...
Desulfovibrio vulgaris, Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F
J. Am. Chem. Soc.
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The H2 sensor of Ralstonia eut ...
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Nicolet
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Purification and catalytic pro ...
Methanosarcina barkeri
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Fontecilla-Camps
Hydrogenase: a hydrogen-metabo ...
Desulfovibrio gigas
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Santiago
Purification and molecular cha ...
Oligotropha carboxidovorans
J. Bacteriol.
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Serebryakova
Reversible hydrogenase of Anab ...
Trichormus variabilis
FEBS Lett.
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